Fera... escreveu: Madara tinha esses chachras??
Sim. Desde que nasceu, Madara possuía o chakra de Indra, e ao lutar com Hashirama e arrancar um pedaço de sua carne, o Uchiha transplantou as células do Senju, assim fazendo com que o chakra dele fluísse dentro de seu corpo. E o Hashirama possuía o chakra do Ashura.
Em outras palavras, o Madara fundiu o seu chakra (Indra) e o chakra do Hashirama (Ashura), assim obtendo ambas as metades do Rikudō Sennin e com elas despertou o Rinnegan.
Isso foi explicado pelo próprio Rikudō Sennin.